Arch Linux 庞大的的AUR软件库对于装软件的人来说是一种福音。

利用paru、yay等AUR helper 可以直接安装。

目前ArchLinux官方库和AUR里有的软件

下面是对列出的生物信息学软件按照其主要作用分类和简要说明，并非严格意义上的排序，因为这些软件服务于不同的生物信息学任务，无法直接进行顺序排列：

  1. 序列比对工具

    • MAFFT：快速、灵活的多重序列比对工具，适合处理大规模的蛋白质或核酸序列集。
    • ClustalW：经典的多序列比对软件，常用于小到中规模序列的比对分析。
    • muscle：高效、准确的多序列比对程序，能够快速产生高质量的比对结果。

  2. 序列修剪

    • Gblocks：从DNA或蛋白质序列比对中移除对齐质量差的位置和高度变异区域。
    • trimal：

  3. 进化模型选择

    • jModelTest / modeltest-ng / mrmodeltest：用于选择最优的分子进化模型，对序列数据集的进化速率、替换类型等参数进行估计。

  4. 系统发育重建与进化树构建

    • mrbayes：基于贝叶斯方法进行系统发育推断，可以生成概率型系统发育树。
    • mrbayes-mpi：mrbayes的并行版本，用于加速大规模数据分析。
    • iqtree / iqtree-mpi：高性能的系统发育树构建程序，采用集成似然方法。
    • raxml / raxml-ng：快速的最大似然法系统发育树构建软件。
    • paup*：广泛应用于系统发育、生物地理学和分子进化分析的软件包。
    • phylip：一套历史悠久的系统发育和分子进化分析软件集合。
    • FastTree：快速构建大规模进化树的程序，特别是对于超大数据集。
    • phyml：基于最大似然、贝叶斯和邻接法的系统发育树构建工具。
    • BEAST / BEAST2：贝叶斯进化分析套件，用于估算物种分化时间、种群动态参数等，并构建带时间尺度的系统发育树。
    • paml (PAML): 全称“Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood”，基于最大似然法进行分子进化分析的软件包，特别用于研究基因或蛋白质序列的系统发育和自然选择压力。它包含多个模块，其中最著名的可能是codeml，该模块用来检测正选择（positive selection），通过比较不同基因模型下的似然率，计算ω值（非同义替代速率与同义替代速率的比值），从而推断蛋白质编码基因是否经历过适应性进化。
    • pamlX: PAML的图形用户界面版本。
    • bali-phy: 基于贝叶斯框架进行序列比对和系统发育分析的软件。它能同时估计序列比对和系统发育树，尤其擅长处理高噪声序列数据和具有插入删除事件的数据集。

  5. 系统发育图形可视化

    • figtree：绘制系统发育树的图形界面软件，易于阅读和修改。
    • TreeViewX：显示和打印系统发育树，提供了对系统发育树分支的排序功能，并且支持导出SVG矢量图像格式的树状图。

  6. 数据分析与辅助工具

    • tracer：贝叶斯分析结果后处理工具，主要用于检查MCMC模拟的收敛性和有效性。
    • seqencematrix：用于生成序列差异矩阵的工具。
    • seaview：交互式多序列比对和系统发育分析软件。
    • MEGA：分子进化遗传分析软件，可进行多种序列分析和系统发育工作。
    • mesquite：整合了多种演化分析方法的交互式软件包。

  7. 其他特定用途软件

    • popart：用于展示和分析种群遗传数据的软件。
    • MorphoJ：形态学数据分析工具，适用于形态学特征的系统发育分析。
    • Open DELTA：用于描述分类单元和分析形态数据的软件。
    • QGIS：地理信息系统软件，可用于生态学和地理分布相关的数据分析。
    • RStudio：集成开发环境，支持使用R语言进行广泛的统计分析，包括生物信息学分析。
    • python：编程语言，可通过各种第三方库（如biopython等）进行生物信息学数据处理和分析。

AUR 包名和简介

可在AUR官网查询上游等信息：https://aur.archlinux.org