科研公开数据

综合性基因组与蛋白质数据库

NCBI (National Center for Biotechnology Information)
- 描述: 提供基因组序列、蛋白质序列、转录组数据及多种生物学信息，包含GenBank、RefSeq等子数据库。
- 用途: 基因组下载、BLAST比对、物种注释。
- 链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov
Ensembl
- 描述: 提供脊椎动物及其他真核生物的基因组数据，包含基因注释和比较基因组学工具。
- 用途: 基因组浏览、序列下载、变异分析。
- 链接: https://www.ensembl.org
- 植物专用: Ensembl Plants
UniProt (Universal Protein Resource)
- 描述: 蛋白质序列和功能注释数据库，分为UniProtKB/Swiss-Prot（人工注释）和UniProtKB/TrEMBL（自动注释）。
- 用途: 蛋白质序列下载、功能预测。
- 链接: https://www.uniprot.org

植物基因组与蛋白质专用数据库

Phytozome
- 描述: 美国能源部JGI维护的植物基因组数据库，覆盖多种植物物种，提供基因组序列和蛋白质组数据。
- 用途: 植物基因家族研究、序列下载。
- 链接: https://phytozome.jgi.doe.gov
PLAZA
- 描述: 植物比较基因组学平台，提供基因家族分类、正交群组和系统发育分析。
- 用途: 基因家族分析、进化研究。
- 链接: https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/
TAIR (The Arabidopsis Information Resource)
- 描述: 拟南芥基因组和蛋白质数据的主要资源，提供详细的基因功能注释。
- 用途: 拟南芥研究、功能基因组学。
- 链接: https://www.arabidopsis.org
- 注: 部分高级功能需订阅。
Gramene
- 描述: 植物基因组学资源，专注于作物和模式植物，提供基因组和代谢途径数据。
- 用途: 比较基因组学、作物研究。
- 链接: http://www.gramene.org

转录组与未注释基因组数据

NCBI SRA (Sequence Read Archive)
- 描述: 存储高通量测序数据，包括转录组和基因组原始数据。
- 用途: 未注释物种的转录组分析、基因组组装。
- 链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
ENA (European Nucleotide Archive)
- 描述: 欧洲的核酸序列数据库，提供基因组和转录组原始数据及注释。
- 用途: 数据下载、序列分析。
- 链接: https://www.ebi.ac.uk/ena

蛋白质结构与功能数据库

PDB (Protein Data Bank)
- 描述: 提供蛋白质三维结构数据，主要来自X射线晶体学和NMR实验。
- 用途: 蛋白质结构分析、分子对接。
- 链接: https://www.rcsb.org
Pfam
- 描述: 蛋白质家族和结构域数据库，提供HMM模型用于序列分析。
- 用途: 基因家族分类、结构域预测。
- 链接: http://pfam.xfam.org
InterPro
- 描述: 整合多个蛋白质签名数据库，提供功能和结构域注释。
- 用途: 蛋白质功能预测、序列标注。
- 链接: https://www.ebi.ac.uk/interpro/

其他专项数据库

JGI Genome Portal
- 描述: 美国联合基因组研究所的基因组资源，涵盖植物、微生物等。
- 用途: 基因组下载、物种特定研究。
- 链接: https://genome.jgi.doe.gov
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
- 描述: 基因组和蛋白质的代谢途径数据库，提供功能注释和路径分析。
- 用途: 代谢研究、功能关联分析。
- 链接: https://www.genome.jp/kegg/
PlantGDB
- 描述: 植物基因组数据库，提供基因组序列和工具，尽管更新较慢。
- 用途: 植物基因组浏览、序列提取。
- 链接: http://www.plantgdb.org

注意事项